История больницы Свято-Троицкого Серафимо-Дивеевского женского монастыря относится к 90-м годам XIX века. Тогда был сделан пристрой к богадельне и в этом здании началось лечение сестер. Через несколько лет рядом было построен еще один монастырский лечебный корпус. Больничный комплекс монастыря составляли отдельное здание богадельни, где помещались тяжело больные и престарелые сестры и корпус больницы с зубоврачебным кабинетом.
В лечебном комплексе была открыта больничная церковь во имя «Всех скорбящих Радость», которая занимала часть богадельни. После ликвидации монастыря в 1927г. больничный храм был разрушен, больничные келии заняты под квартиры. В 2003г. здание богадельни было передано монастырю.
23 марта 2006г. в развитие взаимоотношений между Министерством здравоохранения и социального развития РФ и Русской Православной Церковью от 15 апреля 2005г. было заключено «Соглашение о сотрудничестве между Федеральным медико-биологическим агентством и Свято-Троицким Серафимо-Дивеевским женским монастырем Нижегородской епархии Русской Православной Церкви». 5 ноября 2006г. в реконструированный корпус богадельни переселились первые насельницы возрожденного монастыря.
Приказом по ФГУЗ КБ№50 ФМБА России от 17.05.2006г. была образована медико-санитарная часть (МСЧ №2) при Свято-Троицком Серафимо-Дивеевском женском монастыре, в составе которой в настоящее время работают поликлиническое отделение, стоматологический и процедурный кабинеты, стационар на 25 коек.
01 августа 2008 года состоялось освящение стационарного отделения медсанчасти епископом Нижегородским и Арзамасским Георгием в присутствии руководителя ФМБА России В.В. Уйбы и настоятельницы Монастыря игумении Сергии.
В монастырскую больницу приобретены современный рентгеновский аппарат, аппарат для ультразвуковых исследований, комплекты оборудования для кабинетов отоларинголога и офтальмолога, аппараты для функциональных исследований, физиотерапевтическая аппаратура и оборудование для лечебной физкультуры.
Основной целью деятельности МСЧ №2 является медико-санитарное обеспечение, охрана здоровья насельниц, паломников, трудников Монастыря, учащихся Православной школы.